L’effectif de l’OFEAN se compose d’un directeur, de trois enquêteurs et d’un expert administratif. Le directeur et les enquêteurs sont désignés pour un mandat de six ans, renouvelable une fois. L’expert administratif est un agent statutaire ou contractuel du SPF Mobilité et Transports, affecté à l’OFEAN. Les coûts salariaux sont à charge du fond budgétaire relatif au fonctionnement de l'organisme.
La structure de l'OFEAN est calquée sur celle de l'organisme d'enquête sur les accidents et les incidents ferroviaires, de sorte que les instances d'enquête des différents modes de transports aient une structure identique.