Tous les trois ans, l’AFSCA établit un programme de contrôle qui consigne l'échantillonnage pour les années à venir ; ce programme peut faire l’objet d’adaptations annuelles. Les laboratoires de l’AFSCA analysent environ 75 % de ces échantillons en interne. Le marché d’une durée de quatre ans porte sur la sous-traitance des 25 % restants à des laboratoires externes agrées.