Dans ce protocole, il a été convenu que, en plus du chef de bureau, son adjoint ou, sous certaines conditions, un diplomate mis à disposition par un Etat membre du Conseil de l’Europe, pourra également jouir du statut diplomatique. En outre, une franchise de première installation est accordée aux membres du personnel du Bureau à Bruxelles.
Le deuxième protocole, signé à Bruxelles le 15 avril 2016, modifiant et complétant l’accord, conclu à Strasbourg le 3 décembre 1974 entre la Belgique et le Conseil de l’Europe, complémentaire à l’accord général sur les privilèges et immunités du Conseil de l’Europe signé à Paris le 2 septembre 1949, vise à préciser certains aspects relatifs aux privilèges et immunités accordés par la Belgique au Bureau du Conseil de l’Europe, afin d’assurer le bon fonctionnement de celui-ci.