Le budget du Centre pour l'année 2015, adopté par le conseil d’administration interfédéral, s'élève à 7,84 millions d’euros, dont 6,2 millions d'euros à charge de l'Etat fédéral.
L’accord de coopération du 12 juin 2013 visant à créer le Centre interfédéral prévoit que son budget doit être approuvé par le Comité de concertation.