Het protocol is een antwoord op de bezorgdheden die Ierland formuleerde tijdens het eerste referendum van 2008 over het Verdrag van Lissabon. Om hieraan tegemoet te komen en de weg te effenen voor de organisatie van een nieuw referendum, besliste de Europese Raad van juni 2009 om Ierland voor de toepassing van het Verdrag garanties te bieden op het vlak van gezinsbeleid, fiscaal beleid en defensie. Deze garanties dienen enkel om duidelijkheid te verschaffen over een bestaande juridische situatie en bieden een antwoord op de onjuiste argumenten die tijdens de eerste referendumcampagne de ronde deden.
Deze garanties zijn reeds opgenomen in een besluit dat de staatshoofden en regeringsleiders in juni 2009 hebben goedgekeurd. Toen werd evenwel overeengekomen dat ze naar aanleiding van het volgende toetredingsverdrag in een Protocol geïntegreerd zouden worden. Het voornoemde Protocol geeft uitvoering aan deze verbintenis in het vooruitzicht van de nakende toetreding van Kroatië.