Les accords du Lambermont, en vigueur depuis le 1er janvier 2002, ont en effet prévu que la propriété du Jardin botanique et sa gestion soit transférées à la Communauté flamande tandis que la collection reste fédérale. Le patrimoine scientifique, constitué de l'herbier et de la bibliothèque, doit rester la propriété de l'État fédéral mais sera donné en prêt au Jardin botanique devenu flamand. Le projet de convention règle les conditions de ce prêt et vise à garantir l’intégrité des collections historiques.