De Lambermontakkoorden, die op 1 januari 2002 van kracht werden, voorzien dat de eigendom en het beheer van de Plantentuin aan de Vlaamse Gemeenschap worden overgedragen terwijl de collectie federaal blijft. Het wetenschappelijk erfgoed, dat bestaat uit het herbarium en de bibliotheek, moet eigendom blijven van de federale Staat maar zal in bruikleen worden gegeven aan de Plantentuin die Vlaams geworden zal zijn. Het ontwerp van overeenkomst regelt de voorwaarden van de bruikleen en waarborgt de integriteit van de historische collecties.